Proteomics

datum: 12-03-2024 Status: IN ONTWIKKELING

 

Proteomics betreft experimenten aan alle eiwitmoleculen in een monster, inclusief informatie over zogenaamde post-translational modifications. Dit kan experimenten betreffen die proberen vast te stellen welke eiwitten worden aangetroffen (identificatie) en in welke concentratie eiwitten worden aangetroffen (kwantificatie). Hiernaast zijn ook positie-specifieke, beeldvormende technieken mogelijk.

Experimenten

• Labeled proteomics 

  • Identification 

  • Quantification 

• Unlabeled proteomics 

  • Identification 

  • Quantification 

• 2D MALDI 

Bestandsformaten

• gelML (HUPO PSI, 2010) - gel electrophoresis

• TraML (HUPO PSI, 2013) - transition lists

• mzML (HUPO PSI, 2017) ; Raw spectrometer output

• mzIdentML (HUPO PSI, 2017) ; Protein identification data

• mzQuantML (HUPO PSI, 2017) ; Protein quantisation data

• mzTab (HUPO PSI, 2014) ; Reporting

Metadataschema's

• MIAPE 

• ISA-TAB with conversion to PRIDE format 

• SDRF: “Sample and Data Relationship Format for Proteomics”  proteomics-sample-metadata/sdrf-proteomics at master · bigbio/proteomics-sample-metadata Koppel je Github-account