Proteomics

datum: 12-03-2024 Status: IN ONTWIKKELING

Proteomics betreft experimenten aan alle eiwitmoleculen in een monster, inclusief informatie over zogenaamde post-translational modifications. Dit kan experimenten betreffen die proberen vast te stellen welke eiwitten worden aangetroffen (identificatie) en in welke concentratie eiwitten worden aangetroffen (kwantificatie). Hiernaast zijn ook positie-specifieke, beeldvormende technieken mogelijk.

Experimenten

Labeled proteomics
- Identification
- Quantification
Unlabeled proteomics
- Identification
- Quantification
2D MALDI

Bestandsformaten

gelML (HUPO PSI, 2010) - gel electrophoresis
TraML (HUPO PSI, 2013) - transition lists
mzML (HUPO PSI, 2017) ; Raw spectrometer output
mzIdentML (HUPO PSI, 2017) ; Protein identification data
mzQuantML (HUPO PSI, 2017) ; Protein quantisation data
mzTab (HUPO PSI, 2014) ; Reporting

Metadataschema's

MIAPE
ISA-TAB with conversion to PRIDE format
SDRF: “Sample and Data Relationship Format for Proteomics” https://github.com/bigbio/proteomics-sample-metadata/tree/master/sdrf-proteomics Koppel je Github-account